Assim como a mandioca, o algodão já era amplamente utilizado e cultivado pelos povos originários da América do Sul muito antes da chegada dos colonizadores. Há mais de 5 mil anos, a espécie Gossypium barbadense existia no Peru e a Gossypium brasiliense era, natural do Brasil e há milhares de anos, cultivada pelos indígenas. Sendo essas duas qualidades diferentes das encontradas na Índia e no Egito. Diversas etnias usavam o algodão para fazer redes, cordas, tecidos para carregar bebês e armas. As sementes da planta eram transformadas em alimento, após serem cozidas como um mingau, e as folhas eram usadas para curar feridas. Em tupi, o algodão era chamado de amaniu-iú ou maniu-jú.
O aventureiro alemão Hans Staden (c.1525-1576), autor de um dos primeiros relatos ilustrados sobre o Brasil, se refere ao algodão várias vezes em sua obra. Sobre a rede da gravura acima, tirada de seu livro Duas Viagens ao Brasil, publicado na Alemanha em 1557, ele escreve: "Eles dormem numas coisas, redes, que chamam de ini na língua deles, e que são feitas de algodão. Amarram-nas acima do chão em duas estacas", comentando os costumes dos tupinambás que viviam na região de Ubatuba, onde o aventureiro ficou preso por nove meses (Duas viagens ao Brasil : primeiros registros sobre o Brasil, Editora L&PM, Porto Alegre: 2011). Sobre as mulheres, Staden diz que "levam seus filhos em panos de algodão que trazem às costas e fazem seu trabalho normalmente. Entrementes, as crianças dormem e estão satisfeitas, não importa quanto as mães se curvam e movimentam com elas".
O aventureiro também destaca o uso do algodão como material de escambo, junto com o pau brasil e a pimenta, entre indígenas e franceses ou portugueses, e o uso em suas armas, como as "flechas incendiárias", "usam algodão, misturam-no com cera, amarram-no na parte superior da flecha e põem fogo", além de seu cultivo: "O algodão cresce em arbustos que têm cerca de uma braça de altura e muitos galhos. Depois da floração o arbusto ganha cápsulas. Elas se abrem quando amadurecem. O algodão fica então nas cápsulas em torno de pequenas sementes pretas. Essas são as sementes que se empregam para o plantio".
O pastor francês Jean de Lery (1536-1613) também registrou em seu diário de viagem Histoire d’un voyage faict en la terre du Brésil, publicado na França em 1578, o trabalho dos tupinambás com o algodão: "Depois de tirar o algodão dos capulhos estendem-no com os dedos sem o cardar e amontoam no chão sobre qualquer objeto: como não usam rocas semelhantes às europeias prendem os fios à parte mais comprida de um pau redondo da grossura de um dedo e de um pé de comprimento, mais ou menos com uma espécie de pino de madeira da mesma grossura colocado de través, rolam depois esse pau sobre as coxas e torcem soltando-o da mão como fazem as fiandeiras com as massarocas, e o volteiam no meio da casa ou em qualquer outro lugar, obtendo desse modo não só fios grosseiros para redes mas também delgadíssimos e bem trabalhados.(...) Usam as mulheres teares de madeira, que não são horizontais nem tão completos quanto os dos nossos tecelões, mas perpendiculares e da altura delas; depois de unirem a seu modo tecem as redes a começar pela parte inferior do tear" (Viagem à terra do Brasil, Editora Itatiaia, Belo Horizonte: 1980).
O tear da imagem acima, desenhado por Joaquim José Codina (1700-1790), já no final do século XVIII, era utilizado pelas indígenas da Vila de Monte Alegre, uma das mais antigas povoações do Pará. Integrante da expedição conhecida como Viagem Filosófica, liderada pelo naturalista Alexandre Rodrigues Ferreira (1756-1815), Codina também registrou a roda de fiar e o engenho de descaroçar algodão, nas duas imagens abaixo.
Aprendendo com os indígenas, os colonizadores passaram a cultivar largamente o algodão pelo Brasil. "Expandiu-se a tal ponto que só raramente se podia encontrar nesta época um local que não estivesse entregue a este cultivo, fiando e tecendo a fibra do algodão. Para esta expansão pode-se creditar os múltiplos usos que se passou a fazer do algodão neste período, como por exemplo, desde seu emprego no preparo dos pavios de lamparina até sua utilização na confecção de linhas para coser e bordar, bem como no fabrico de panos grossos para roupa dos escravos. Não só isto, mas a semente da planta passou a ser utilizada também na alimentação animal e até o próprio vegetal empregado como forragem", escreveram os pesquisadores José de Alencar Nunes Moreira e Robério Ferreira dos Santos em Origens, crescimento e progressos na cotonicultura do Brasil (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Centro Nacional de Pesquisa de Algodão. - Campina Grande : EMBRAPA-CNPA : Brasília: EMBRAPA-SPI, 1994).
O algodão brasileiro se tornou importante produto de exportação a partir de meados do século XVIII quando se deu o desenvolvimento da indústria têxtil principalmente na Inglaterra. Maranhão, Bahia, Minas, Ceará e Pernambuco se destacaram na produção nessa época, mas no início do século seguinte houve um grande declínio nesse comércio, quando os Estados Unidos dominaram as exportações. A plantação de algodão no Brasil se recuperou durante a Guerra de Secessão norte-americana, entre 1861 e 1865, que culminou com o fim da escravidão naquele país. Durante o século XIX, o cultivo do algodão sofreu oscilações e ganhou espaço, principalmente nas lavouras paulistas no século seguinte, com a crise de 1929, quando substituiu o café.