Uma pequena ilha no lado leste da baía de Guanabara, quase encostada ao continente, colada à hoje cidade de Niterói, chamou a atenção de diversos viajantes. Era praticamente um amontoado de rochas, mas tinha uma localização privilegiada de onde se podia avistar os navios que chegavam e suas grutas e vegetação submersa faziam dela também um excelente local de pesca.
A Ilha da Boa Viagem ficou assim conhecida porque os marinheiros e capitães, no convés de suas embarcações, costumavam se ajoelhar diante dela para agradecer ou pedir proteção em suas chegadas e partidas.
No século XVII, foi construída na parte mais elevada da ilha uma capela em homenagem à Nossa Senhora da Boa Viagem, por ordem de Diogo Carvalho de Fontoura, provedor da Real Fazenda, que exercia as funções de fiscalizar e administrar as arrecadações na colônia. A capela começou a ser erguida por volta de 1650, fruto de uma promessa do provedor, depois de uma graça recebida. Os comandantes e marinheiros ajudavam a manter a capela através de donativos que eram calculados de acordo com a distância da viagem.
Ao longo dos anos, a capela passou por várias reconstruções e reformas e, em 1734, uma renovação deixou a lápide que até hoje existe na porta lateral da capela com os dizeres: "Principiou esta obra em 1734 sendo o Mre. Amaro da Sva. Dor. J. de Farias Rº Pre. Mel. Ces. De C. e mais 173 devotos".
A capela tem uma porta grande, entre quatro janelas, uma abertura redonda no alto e a torre com o sino ao lado. No altar principal, uma imagem de Nossa Senhora da Boa Viagem. Segundo relato do viajante Thomas Ewbank (1792-1870), que esteve no Rio de Janeiro em 1846, a capela era decorada sobretudo com temas marinhos, com o teto pintado com cenas de naufrágio e painéis de azulejos holandeses azuis nas paredes e a pia batismal de porcelana. A maior parte da decoração era fruto de oferendas de marujos e fiéis. A ilha recebia as peregrinações dos "homens do mar" e o dia da padroeira era festejado na capela com celebração de missa, romaria e procissão marítima.
Além de acolher as preces dos viajantes, a capela funcionava também como defesa da baía e ponto de referência para os navios. No início do século XVIII, juntou-se à capela outra construção, um pequeno forte que ficou conhecido como fortim ou bateria da Nossa Senhora da Boa Viagem, construído a mando do então Capitão-Governador Luís César de Menezes, com cinco ou seis peças de artilharia, e localizado em um plano mais baixo que o da capela. Em 1769, foi reforçado com mais peças de artilharia. Na pintura abaixo, de artista desconhecido, podemos observar o forte abaixo da capela e também a pequena ponte de madeira que ligava a ilha ao continente. Uma escada de pedra com cerca de 200 degraus levava até a capela no topo da ilha.
Essa bateria, como eram chamados esses pequenos fortes com peças de artilharia, sofreu com as várias batalhas que ali se travaram, principalmente durante a Revolta Armada, uma rebelião da Marinha contra o governo republicano do presidente Floriano Peixoto, em 1893. Antes disso, em 1810, chegou a ser usado para isolar viajantes que vinham de regiões com doenças epidêmicas e contagiosas e, entre os anos de 1840 e 1846, funcionou no local a Escola de Aprendizes Marinheiros.
Em 1937, já em ruínas, as edificações da ilha foram entregues aos Escoteiros do Mar, para cuidar de sua conservação. Em 1938, a ilha foi tombada pelo Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN). Já no século XX, duas outras construções foram feitas na ilha, uma delas, da década de 1940, conhecida como castelo, serviu de sede dos Escoteiros.
Após anos de abandono e falta de manutenção, a ilha ficou interditada para visitantes. A Prefeitura de Niterói assumiu o controle da ilha e abriu processo de licitação para obras de preservação do patrimônio. Em novembro de 2021, a prefeitura anunciou que vai iniciar a restauração da Ilha da Boa Viagem e ela será novamente aberta à visitação pública.