Ilha dos amores e pérola da Guanabara são exemplos dos apelidos que a ilha de Paquetá recebeu ao longo da história. Seu nome é de origem tupi e o significado é controverso: alguns estudiosos afirmam que quer dizer muitas pacas, outros, muitas conchas e outros ainda, muitas pedras. "Etá" na língua indígena é usado para definir o plural e na ilha havia conchas, pacas e pedras em grande quantidade.

Pesquisadores acreditam que, antes da chegada dos europeus, Paquetá não era permanentemente habitada porque não havia ali nenhuma fonte de água doce. Mas os indígenas tupinambás ou tamoios, como também eram chamados, viviam no entorno, na baía de Guanabara, que reúne 127 ilhas (mapa abaixo, desenhado por Jean-Baptiste Debret, publicado em 1835). A presença dos tupinambás na região dos Lagos, ao norte do Rio de Janeiro, data de mais de 2.500 anos, conforme o artigo Análise Atômica de pigmentos em cerâmicas Tupinambá, dos pesquisadores Stenio Dore de Magalhães, Nelson Velho de Castro Faria, Ângela Buarque e Maria Dulce Gaspar (In: Os Ceramistas Tupiguarani, vol. II Elementos Decorativos, ed. André Prous e Tania Andrade Lima. Belo Horizonte: Superintendência do Iphan em Minas Gerais, 2010).

Os franceses chegaram antes dos portugueses a Paquetá. Em 1555, o cosmógrafo francês André Thevet (1502-1590) fez o registro da descoberta da ilha. Ele fazia parte da expedição que tinha como objetivo fundar a França Antártica no Brasil e foi comandada por Nicolas Durand de Villegagnon (1510-1571), que batizou outra ilha, mais na entrada da baía, onde construiu um forte (abaixo, em gravura de Pieter Godfried Bertichen (1796-1856), de 1856).

Os portugueses, ajudados pelos indígenas temiminós, só conseguiram expulsar os franceses, que eram apoiados pelos tupinambás, dez anos depois. Em 1565, Estácio de Sá (1520-1567), fundador e primeiro governador-geral do Rio de Janeiro, transformou a ilha em duas sesmarias que doou para seus companheiros de luta contra os invasores. A parte norte ficou para Inácio de Bulhões e a parte sul, para Fernão Valdez. A povoação de Paquetá foi lenta e o lado norte foi ocupado pela Fazenda São Roque com extensa plantação que durante bastante tempo abasteceu a cidade do Rio de Janeiro.

Em 1698, foi erguida na Fazenda São Roque a primeira capela da ilha, a capela de São Roque, e em 1763, no sul da ilha, foi construída a Capela do Senhor Bom Jesus do Monte. As duas, bastante reformadas, sobrevivem até hoje. Também na fazenda foi aberto o poço de São Roque, o primeiro da ilha, para abastecer as plantações e a população e que ficou famoso pela lenda de ter água milagrosa, capaz de curar diversas moléstias.

Tendo a agricultura e a pesca como suas principais atividades, a partir do século XVII, quando começou a crescer, os moradores de Paquetá também instalaram ali caieiras onde, com suas abundantes conchas, produziam cal, fornecido junto com pedras para as construções da cidade. Mas o florescimento da ilha veio mesmo no século XIX, quando, por influência do príncipe regente do Brasil, D. João (1767-1826) que frequentava Paquetá desde sua chegada ao Brasil em 1808, se tornou um lugar de veraneio. Em 1833, a ilha, que pertencia ao município de Magé, foi incorporada à Corte e à cidade do Rio de Janeiro. Estrangeiros, como ingleses, alemães e franceses, construíram residências em Paquetá e a moda dos banhos de mar também influenciou na vocação turística da ilha, que se iniciava então.

Em 1838, começou o serviço de barcas regulares para a ilha, o que impulsionou bastante seu desenvolvimento. Além disso, o romance A Moreninha, do médico e jornalista Joaquim Manuel de Macedo (1820-1882), foi publicado em 1844 e seu sucesso despertou a curiosidade da população pela ilha frequentada pela juventude carioca da época. A história romântica de Macedo conquistou o público e atraiu também artistas que, como o italiano Nicolau Facchinetti (1824-1900), na pintura acima, e J.Bury, no desenho abaixo, contemplaram a paisagem calma da ilha.

Paquetá vive até hoje do turismo. A casa conhecida como Solar Del-Rei, que foi a residência de verão de D. João VI e atualmente abriga a Biblioteca Popular, é bastante visitada, assim como a casa onde morou José Bonifácio de Andrada e Silva (1763-1838), primeiro ministro de Pedro I e tutor de D. Pedro II, que abandonou a vida política em 1833 e passou a viver na ilha. Em 1999, Paquetá tornou-se uma Área de Preservação de Ambiente Cultural (APAC), o que não impediu a catástrofe que representou para a ilha o vazamento de óleo na baía de Guanabara no ano seguinte e a proibição das tradicionais charretes puxadas por cavalos, em 2016. Segundo o último censo, de 2022, a Ilha de Paquetá é o subdistrito com a menor população da cidade do Rio de Janeiro: 3.486 habitantes.