Originário da região da Amazônia, o cacau se tornou conhecido pelos europeus depois de Cristóvão Colombo (1451-1506) chegar na América, em 1492. Até essa data, o fruto era cultuado apenas pelos indígenas que viviam no sul do México, na América Central e na floresta amazônica, onde se desenvolvia naturalmente. Pesquisas recentes mostram que, antes de chegar à América Central, onde foi cultivado por tribos como os astecas e os maias, que já saboreavam um tipo de chocolate rústico, o cacau era consumido na Amazônia equatoriana. Os indígenas utilizavam o fruto como alimento por seu alto teor energético e a planta era tão valorizada que suas sementes eram, inclusive, utilizadas como moeda.
O cacau teria se expandido para além das cabeceiras do rio Amazonas e originado duas variedades: criollo e forastero. O criollo, que se espalhou ao norte, para o rio Orinoco, penetrando na América Central e Sul do México, foi o tipo de cacau cultivado pelos Astecas e os Maias. O forastero se espalhou da bacia amazônica em direção às Guianas e é a variedade que chegou ao norte do Brasil.
O botânico sueco Carlos Lineu (1707-1778) batizou, em 1737, a árvore de Theobroma, palavra de origem grega que quer dizer "alimento dos deuses", nome que fazia jus à mitologia asteca que considerava o cacaueiro uma árvore sagrada. Alguns anos depois, o próprio Lineu chamaria essa árvore de Theobroma cacau, para diferenciá-la de outras theobromas também encontradas na Amazônia, como a Theobroma grandiflorum, a árvore do cupuaçu (abaixo).
As ilustrações acima foram feitas, respectivamente, por Joaquim José Codina e José Joaquim Freire, dois desenhistas que acompanharam o naturalista brasileiro Alexandre Rodrigues Ferreira (1756-1815) em sua expedição, conhecida como Viagem Filosófica, pelas capitanias do Grão-Pará, Rio Negro, Mato Grosso e Cuiabá, iniciada em 1783, e que realizaram centenas de desenhos da flora amazônica.
Após autorização por sua Carta Régia, o cacau começou a ser cultivado oficialmente no Brasil em 1679, mas antes disso, essas árvores já eram encontradas no Pará e arredores. Os padres da Companhia de Jesus, ali estabelecidos desde o inicio do século XVII, foram pioneiros no cultivo do cacau na região. Por volta de 1780, o Pará produzia mais de 100 arrobas de cacau.
Mas foi na Bahia que o cacau fez sua fama para brasileiros e estrangeiros. O comerciante francês Louis Fréderic Warneaux, que vivia no Pará, enviou sementes do cacau forastero ao fazendeiro baiano Antônio Dias Ribeiro, em 1746. Essas sementes foram plantadas no município de Canavieiras e alguns anos depois, em 1752, em Ilhéus, iniciando um cultivo que enriqueceria a região e tornaria o Brasil um dos principais exportadores de cacau.
O clima quente e úmido, similar ao seu ambiente natural, facilitou a adaptação do cacaueiro. Como a planta precisa da sombra de outras árvores maiores para sobreviver, o sul da Bahia, onde a cultura da cana-de-açúcar não havia vingado, oferecia ainda extensas áreas de mata atlântica que davam a proteção necessária para o cultivo do fruto. Migrantes de diversas partes do nordeste foram atraídos para a região onde, mesmo com pequenas extensões de terra, já conseguiam o seu sustento com o cacau.
Ao longo do século XIX, as fazendas de cacau foram aumentando na região e as exportações começaram a avançar na proporção em que crescia o consumo de chocolate na Europa e nos Estados Unidos. Em busca desse mercado exportador, os portugueses levaram as sementes de cacau também para a África e iniciaram o cultivo nas ilhas de São Tomé e Príncipe, por volta de 1855.
Como não existia o costume de consumir o cacau por aqui, praticamente toda a safra era exportada. O Brasil ocupou o posto de maior produtor mundial até meados da década de 1920. Hoje, o Brasil é o sexto produtor de cacau do mundo, depois da Costa do Marfim, Gana, Indonésia, Nigéria e Camarões.